不和是清朝普遍存在的现象，并不只是吉庆和瑚图礼两个人的问题，可以说是清朝政治体制的一个通病，有着深刻的制度原因。我们来看看到底是什么样的制度导致督抚不和的。

总督、巡抚的官制都开始于明朝。朝廷派遣某个官员去某个地方巡视，解决特定的问题，叫作巡抚；派遣某个官员督察好几个地方的军政事务，就叫作总督。总督也好，巡抚也罢，一开始都类似于钦差大臣，是中央政府官员的一个临时差使。慢慢的，因为总督、巡抚在地方上的实际权力太大，地方官员都对他们唯命是从，而朝廷又觉得这种直接派人插手地方事务的管理方式更直接，更有效，就把总督、巡抚给普遍化、常态化了。几乎每个地方都有朝廷派下来的总督、巡抚。结果，总督、巡抚就成了最高地方长官。这是一个“差使”异化为“职务”的典型例子。

清朝夺取天下后，在关内的十八个行省沿用了总督和巡抚制度，一般在一个省份设置一个巡抚，又在巡抚之上设置了管理一到三个省不等的总督，来镇守地方，拱卫中央。这样一来，总督和巡抚管辖的范围就是重叠的。从根本上来说，管辖重叠就会产生矛盾，发生冲突。清朝有关总督、巡抚的职权设计进一步恶化了吉庆和瑚图礼的关系。